Перевод: с английского на все языки

со всех языков на английский

нуклеотидных последовательностей

  • 1 Bioinformatics

    Биоинформатика — новое направление исследований, использующее математические и алгоритмические методы для решения молекулярно-биологических задач. В отечественной генетике зарождение этого направления тесно связано со становлением и развитием Института цитологии и генетики СО АН СССР в Новосибирском Академгородке. Первая международная конференция по Б. регуляции и структуры генома в странах СНГ была организована и проведена в этом институте (24–31 августа 1998 г.). Совершенствование экспериментальных методов приводит к экспоненциальному росту молекулярно-биологических данных и возникновению абсолютно новой для биологии междисциплинарной задачи анализа и хранения информации из лабораторий, рассеянных по всему миру. Задачи Б. можно определить как развитие и использование математических и компьютерных методов для решения проблем молекулярной биологии. Выделяют: (1) Задачу поддержания и обновления баз данных. Современная эра в молекулярной биологии началась с момента открытия двойной спирали Уотсоном и Криком в 1953 г. Эта революция породила большой объем данных полученных прямым чтением ДНК из разных участков геномов. Быстрое секвенирование стало возможно 10 лет назад, первый полностью секвенированный геном — геном бактерии Haemophilus influenzae, 1800 т.п.н. В 1996 г. закончено секвенирование первого генома эукариот, генома дрожжей (10 млн п.н.) и секвенирование продолжается со скоростью более 7 миллионов нуклеотидов в год. Знание геномной ДНК в значительной мере сделало возможным ряд фундаментальных биологических открытий, таких как интроны, самосплайсирующиеся РНК (см. РНК-процессинг), обратная транскрипция и псевдогены. Однако существующие базы данных не вполне адекватны требованиям молекулярных биологов: одной из нерешенных проблем является создание программного обеспечения для простого и гибкого доступа к данным. (2) Другой класс задач в большей степени ориентирован на поиск оптимальных алгоритмов для анализа последовательностей. Типичным примером такой задачи является задача выравнивания: как выявить сходство между двумя последовательностями, зная их нуклеотидный состав? Задача решается множество раз в день, поэтому нужен оптимальный алгоритм с минимальным временем выравнивания. (3) Можно также выделить ряд направлений современной Б.: создание и поддержка баз данных (БД) регуляторных последовательностей и белков; БД по регуляции генной экспрессии; БД по генным сетям; компьютерный анализ и моделирование метаболических путей; компьютерные методы анализа и распознавания в геноме регуляторных последовательностей; методы анализа и предсказания активности функциональных сайтов в нуклеотидных последовательностях геномов; компьютерные технологии для изучения генной регуляции; предсказания структуры генов; моделирование транскрипционного и трансляционного контроля генной экспрессии; широкомасштабный геномный анализ и функциональное аннотирование нуклеотидных последовательностей; поиск объективных методов аннотирования и выявления различных сигналов в нуклеотидных последовательностях; эволюция регуляторных последовательностей в геномах; характеристики белковой структуры, связанные с регуляцией; экспериментальные исследования механизмов генной экспрессии и развитие интерфейса, связывающего экспериментальные данные с компьютерным анализом геномов. Первые работы по компьютерному анализу последовательностей биополимеров появились еще в 1960-1970-х годах, однако формирование вычислительной биологии как самостоятельной области началось в 1980-х годах после развития методов массового секвенирования ДНК. С точки зрения биолога-экспериментатора, можно выделить пять направлений вычислительной биологии: непосредственная поддержка эксперимента (физическое картирование (см. Физическая карта), создание контиг (см.) и т.п.), организация и поддержание банков данных, анализ структуры и функции ДНК и белков, эволюционные и филогенетические исследования, а также собственно статистический анализ нуклеотидных последовательностей. Разумеется, границы между этими направлениями в значительной мере условны: результаты распознавания белок-кодирующих областей используются в экспериментах по идентификации генов, одним из основных методов предсказания функции белков является поиск сходных белков в базах данных, а для осуществления детального предсказания клеточной роли белка необходимо привлекать филогенетические соображения. В 1982 г. возникли GenBank и EMBL — основные банки нуклеотидных последовательностей. Вскоре после этого были созданы программы быстрого поиска по банку — FASTA и затем BLAST. Позднее были разработаны методы анализа далеких сходств и выделения функциональных паттернов в белках. Оказалось, что даже при отсутствии близких гомологов, можно достаточно уверенно предсказывать функции белков. Эти методы с успехом применялись при анализе вирусных геномов, а затем и позиционно клонированных генов человека. Алгоритмы анализа функциональных сигналов в ДНК ( промоторов, операторов, сайтов связывания рибосом) менее надежны, однако и они в ряде случаев были успешно применены, напр., при анализе пуринового регулона Escherichia coli. Идет активная работа над созданием алгоритмов предсказания вторичной структуры РНК. Алгоритмические аспекты этой проблемы были разрешены достаточно быстро, однако оказалось, что точность экспериментально определенных физических параметров не позволяет осуществлять надежные предсказания. В то же время, сравнительный подход, позволяющий построить общую структуру для группы родственных или выполняющих одну и ту же функцию РНК, дает существенно более точные результаты. Другим важным достижением, связанным с рибосомальными РНК, стало построение эволюционного древа прокариот и вытекающей из него естественной классификации бактерий, используемой в банках нуклеотидных последовательностей, в частности GenBank. Статистическая информация (в виде предсказания GenScan), последовательности гомологичных белков и последовательности EST являются исходным материалом для предсказания генов в последовательностях ДНК человека программой ААТ. Алгоритмы, объединяющие анализ функциональных сигналов в нуклеотидных последовательностях и предсказание вторичной структуры РНК, используются для поиска генов тРНК и самосплайсирующихся интронов. Одновременный анализ белковых гомологий и функциональных сигналов позволил получить интересные результаты при эволюцию системы репликации по механизму катящегося кольца. Опыт показывает, что надежное предсказание функции белка по аминокислотной последовательности возможно лишь при одновременном применении разнонаправленных программ структурного и функционального анализа. Основное — это приближение теоретических методов к биологической практике. Во-первых, вновь создаваемые алгоритмы все ближе имитируют работу биолога. В частности, был формализован итеративный подход к поиску родственных белков в банках данных, позволяющий работать со слабыми гомологиями и искать отдаленные члены белковых семейств. При этом все члены семейства, идентифицированные на очередном шаге, используются для создания очередного образа семейства, являющегося основой для следующего запроса к базе данных. Другим примером являются алгоритмы, формализующие сравнительный подход к предсказанию вторичной структуры регуляторных РНК. Во-вторых, создаваемые алгоритмы непосредственно приближаются к экспериментальной практике. Так, повышение избирательности методов распознавания белок-кодирующих областей (возможно, за счет уменьшения чувствительности) позволяет осуществлять предсказание специфичных гибридизационных зондов и затравок ПЦР. Наконец, развитие Интернета — электронной почты и затем WWW — сняло зависимость от модели компьютера и операционной системы и сделало программы универсальным рабочим инструментом.

    Англо-русский толковый словарь генетических терминов > Bioinformatics

  • 2 chromosome walking

    «прогулка по хромосоме»
    Метод выделения и анализа нуклеотидных последовательностей (новых генов), фланкирующих известные гены, для которых имеются олигонуклеотидные зонды; после выделения гена с фланкирующими его последовательностями эти последние используются в качестве зондов для выделения новых, прилегающих к ним последовательностей и т.д.; в результате "П.п.х." с помощью перекрывающихся последовательностей нуклеотидов исследуются неизвестные протяженные участки генома, прилегающие друг к другу; одним из вариантов метода "П.п.х." является метод «прыжков по хромосоме» chromosome jumping.
    * * *
    Прогулка по хромосоме — метод (техника) выделения для секвенирования клонов из геномной библиотеки, содержащей фрагменты рестрикции с перекрывающимися последовательностями. С помощью этого метода можно изолировать ген (обычно последовательность) с неизвестной функцией, для которого нет зонда, но он локализован близко к ранее идентифицированному и клонированному гену. Такой ген используется в качестве зонда для скрининга геномной библиотеки. В результате гибридизации выделяются перекрывающиеся клоны, содержащие известные соседние последовательности. Затем эти клоны применяются для изоляции др. клонов с прилежащими к ним последовательностями, а выделенные клоны — в качестве зондов для идентификации новых перекрывающихся последовательностей. Многократное повторение этих приемов (прогулки по хромосоме) позволяет в конечном счете изолировать клон, содержащий искомую последовательность (ген). Одним из вариантов указанного метода является метод «прыжков по хромосоме» (см. Прыжки по хромосоме).

    Англо-русский толковый словарь генетических терминов > chromosome walking

  • 3 family

    семейство

    recombinant family — семейство рекомбинантных конструкций (напр. нуклеотидных последовательностей или продуктов экспрессии рекомбинантных генов)

    repetitive DNA family — семейство повторяющихся последовательностей ДНК, семейство повторов

    Англо-русский словарь по иммунологии > family

  • 4 polymerase chain reaction

    Метод амплификации in vitro с помощью ДНК-полимеразы нуклеотидных последовательностей с использованием олигонуклеотидных ДНК-затравок, комплементарных последовательностям противоположных цепей ДНК на границах амплифицируемого участка; собственно П.ц.р. представляет собой серию из 3 циклически повторяющихся реакций (20-30 циклов) - денатурация ДНК, отжиг ДНК-затравок и синтез ДНК с каждой из затравок навстречу друг другу с использованием противоположных цепей ДНК в качестве матриц, по завершении каждого цикла количество синтезированного продукта удваивается и происходит увеличение количества анализируемой ДНК в геометрической прогрессии; П.ц.р. позволяет амплифицировать любые последовательности длиной до 5-6 тыс. нуклеотидов, что делает возможным использовать ее для секвенирования, молекулярной ДНК-диагностики, картирования генов (в качестве зондов для гибридизации in situ) и др.
    * * *
    Полимеразная цепная реакция, ПЦР — процесс амплификации in vitro, при котором фрагмент ДНК длиной до 15 кб может быть амплифицирован (размножен) до 108 раз (копий). Для этого синтезируются два олигонуклеотида размером в 10-30 нуклеотидов, комплементарных последовательностям на двух концах исследуемой ДНК. Избыточное количество этих двух олигонуклеотидных праймеров (см.; амплимеров) смешивается с геномной ДНК, смесь нагревается для денатурации дуплексов ДНК. При последующем снижении температуры праймеры присоединяются к их геномным гомологам и могут с помощью ДНК-полимеразы удлиниться, т. е. на ДНК-матрице синтезируется вторая цепь. Последовательный процесс (цикл процессов) денатурации, отжига праймера и его удлинения повторяется 20-40 раз. В результате происходит экспоненциальное увеличение копий изучаемой ДНК. За 25 амплификационных циклов количество целевых последовательностей ДНК увеличивается приблизительно в 106 раз. Для синтеза новых цепей ДНК используются термостабильные ДНК-полимеразы (Therminus aquaticus или Taq-полимераза, Pfu-ДНК-полимераза, VentTM-ДНК-полимераза). В н. вр. ПЦР нашла широкое распространение в молекулярной биологии и на ее основе разработано множество методов анализа геномов. Имеет место также инвертированная полимеразная цепная реакция, т. е. модификация обычной ПЦР, позволяющая амплифицировать неизвестные последовательности ДНК, прилежащие к коровой области известной последовательности.

    Англо-русский толковый словарь генетических терминов > polymerase chain reaction

  • 5 AP-PCR

    Полимеразная цепная реакция c произвольными праймерами — модификация стандартного метода ПЦР, позволяющая осуществлять амплификацию целевых последовательностей ДНК с помощью произвольно взятых праймеров, без предварительного знания нуклеотидных последовательностей данного генома. Метод позволяет выявлять полиморфизм между штаммами бактерий и грибов, различными сортами растений.

    Англо-русский толковый словарь генетических терминов > AP-PCR

  • 6 arbitrarily primed polymerase chain reaction

    Полимеразная цепная реакция c произвольными праймерами — модификация стандартного метода ПЦР, позволяющая осуществлять амплификацию целевых последовательностей ДНК с помощью произвольно взятых праймеров, без предварительного знания нуклеотидных последовательностей данного генома. Метод позволяет выявлять полиморфизм между штаммами бактерий и грибов, различными сортами растений.

    Англо-русский толковый словарь генетических терминов > arbitrarily primed polymerase chain reaction

  • 7 line

    1) граница; предел
    2) ряд, линия
    3) линия ( клеток)

    cell line — линия клеток, клеточная линия

    cloned cell line — клональная клеточная линия, линия клоногенных клеток

    congenic line — конгенная [конгенно-резистентная] линия ( животных)

    continuous cell line — стабильная клеточная линия; клеточный штамм

    dual factor-responsive cell line — линия клеток, чувствительная к двум ростовым факторам

    immortalized cell line — иммортализованная [бессмертная] линия клеток

    pedigreed reference line — линия сравнения, имеющая общую с данной линией родословную

    Raja-Denver cell line — ( B-клеточная) линия Райя-Денвера

    reference line — линия сравнения, референс-линия (линия животных, предназначенная для подтверждения инбредности используемой линии или др. целей)

    rejection line — граница [линия] отторжения (скопления цитотоксических лимфоцитов, движущихся от периферии к центру роговичного трансплантата в момент криза отторжения)

    transgenic line — трансгенная линия (напр. животных)

    Англо-русский словарь по иммунологии > line

  • 8 engrailed

    Ген, содержащий гомеобокс homeobox, играющий важную роль в контроле развития центральной нервной системы и выявленный у многих многоклеточных животных; ген engrailed высококонсервативен, что было, в частности, установлено при сравнении нуклеотидных последовательностей этих генов у дрозофилы, аквариумной рыбы данио-рерио Brachydanio rerio, шпорцевой лягушки и мыши.

    Англо-русский толковый словарь генетических терминов > engrailed

  • 9 insertion sequences

    IS-элементы, инсерционные последовательности
    Мобильные генетические элементы transposable elements длиной 700-1800 пар нуклеотидов (транспозоны, впервые описанные у прокариот); как правило, IS-э. не имеют собственного выражения в фенотипе, хотя и могут содержать открытую рамку считывания для 1-2 белков (в частности, ген транспозазы transposase), а также промотор, способный обеспечивать транскрипцию последующего участка донорского гена; IS-э. ограничены короткими инвертированными концевыми повторами (10-40 пар нуклеотидов) и фланкированы прямыми повторами, обнаружение таких участков нуклеотидных последовательностей может быть свидетельством наличия IS-ээ.
    * * *
    Инсерционные последовательности, ИП — малые транспозоны длиной 0,7-1,5 кб, широко распространенные среди про- и эукариот. ИП содержат только несколько генов, кодирующих функции транспозиции, а на концах — инвертированные повторы длиной 30 п. о., которые также транспозируются. ИП могут включаться в различные регионы хромосомы или в плазмиды, находящиеся в клетке. При этом их копия остается в донорском сайте, а интегрирующаяся в реципиентный сайт копия вызывает на концах дупликации из 3-9 п. о. ( прямые повторы, см.). Транспозиция (перемещение) ИП обычно ведет к нарушению функции генов (см. Инсерционная инактивация).

    Англо-русский толковый словарь генетических терминов > insertion sequences

  • 10 physical mapping

    Картирование генов на хромосомах с использованием различных физических методов (электронная микроскопия ДНК, секвенирование нуклеотидных последовательностей, построение рестрикционных карт); иногда к методам Ф.к. относят методы цитогенетического картирования (с использованием делеций) и смешанные методы (авторадиография), противопоставляя их генетическим методам картирования (по частоте рекомбинаций).

    Англо-русский толковый словарь генетических терминов > physical mapping

  • 11 renaturation

    Восстановление нативной (биологически активной) пространственной структуры биополимера (белка или нуклеиновой кислоты); в частности, Р. ДНК (после денатурации нагреванием) может происходить при медленном охлаждении annealing, что используется для получения гибридных гетеродуплексов.
    * * *
    Ренатурация — переход нуклеиновой кислоты или белка из денатурированного состояния (см. Денатурация) к полностью биологически активному, напр. однонитчатой ДНК — к биологически активной (нативной) пространственной (трехразмерной) конфигурации. Характер Р. ДНК зависит от типа ее нуклеотидных последовательностей: повторяющаяся ДНК соединяется (отжигается) быстрее, чем уникальная. Это позволяет характеризовать и сравнивать молекулы ДНК методом т. н. анализа Cot.

    Англо-русский толковый словарь генетических терминов > renaturation

  • 12 Southern blotting

    Саузерн-блоттинг, блоттинг по Саузерну
    Метод обнаружения специфических нуклеотидных последовательностей путем переноса электрофретически разделенных фрагментов ДНК из агарозного геля на нитроцеллюлозный (бумажный) фильтр за счет капиллярного эффекта («blotting» - буквально: «промокание») и гибридизации с меченым ДНК- или РНК-зондом, комплементарным искомой последовательности; образование гибридов обнаруживают методом авторадиографии autoradiography; метод разработан Э. Саузерном и Р. Дэйвисом в 1975.
    * * *
    Саузерн-блоттинг, блот-гибридизация по С. — техника гелевого блоттинга, при которой фрагменты ДНК, разделенные по размеру в агарозном гель-электрофорезе, денатурируются in situ и перенос

    Англо-русский толковый словарь генетических терминов > Southern blotting

  • 13 vector

    вектор, переносчик
    Самореплицирующаяся (автономная) молекула ДНК, например, бактериальная плазмида plasmid, используемая в генной инженерии для переноса генов ( или групп генов, часто в некотором числе копий) от организма-донора в организм-реципиент, а также для клонирования нуклеотидных последовательностей cloning vector; главное свойство любого В. - наличие сайта, в котором возможно встраивание данного полинуклеотида; также В. организм, переносящий паразита от одного организма-хозяина к другому (например, вши - переносчики возбудителей сыпного тифа и т.п.).
    * * *
    Вектор, переносчик
    1. Молекула ДНК, способная к автономной репликации и включению в себя чужеродной ДНК. Является инструментом генной инженерии, обеспечивающим доставку (перенос) генетической информации в клетку-реципиент и ее клонирование.
    2. Организм (напр., малярийный комар, вши и т. п.), переносящий паразитов с одного хозяина на другого.

    Англо-русский толковый словарь генетических терминов > vector

  • 14 gap penalty

    Молекулярная биология: штраф за пропуск в последовательности (при компьютерной обработке аминокислотных и нуклеотидных последовательностей)

    Универсальный англо-русский словарь > gap penalty

  • 15 high-throughput identification

    Универсальный англо-русский словарь > high-throughput identification

  • 16 last common ancestor

    Универсальный англо-русский словарь > last common ancestor

  • 17 packaging cell line

    2) Генная инженерия: пакующая клеточная линия (Клеточная линия, созданная для продуцирования вирусных частиц, не содержащих инфекционной нуклеиновой кислоты)

    Универсальный англо-русский словарь > packaging cell line

  • 18 recombinant family

    Иммунология: семейство рекомбинантных конструкций (напр. нуклеотидных последовательностей или продуктов экспрессии рекомбинантных генов)

    Универсальный англо-русский словарь > recombinant family

  • 19 ribotyping

    Общая лексика: риботипирование (выявление у изучаемых штаммов различий в количестве рибосомальных оперонов, а также рестрикционного полиморфизма их нуклеотидных последовательностей)

    Универсальный англо-русский словарь > ribotyping

  • 20 cone pigment genes

    Гены, контролирующие образование пигмента в клетках глаз (колбочках) — гены, которые кодируют синтез пигментов в колбовидных клетках ретины глаз, ответственных за цветовое видение. У человека ген BCP (blue color pigment), кодирующий пигмент синего цвета, расположен на длинном плече 7-й хромосомы. Пигменты красного и синего цвета кодируются генами, расположенными в направлении от начала (апстрим, см.) длинного плеча Х-хромосомы. Идентифицировано 98% нуклеотидных последовательностей, которые имеют один общий предковый ген. Пигмент зеленого цвета является результатом действия даунстрим последовательности гена пигмента красного цвета. Апстрим последовательность, включающая 4 кб гена красного и 43 кб зеленого цвета, отвечает за одновременную активность их обоих. Делеция этого элемента, состоящего из 580 п. о., приводит к образованию измененной формы гена цветовой слепоты, сцепленного с Х-хромосомой, т. е. к отсутствию восприятия зеленого и красного цвета.

    Англо-русский толковый словарь генетических терминов > cone pigment genes

Страницы
  • 1
  • 2

См. также в других словарях:

  • Базы данных последовательностей — * базы даных паслядоўнасцей * sequences data bases в зависимости от профиля Б. д. п. содержат структурированную информацию о белковых, нуклеотидных либо сигнальных последовательностях, представленную в виде записей. Ниже приводится список… …   Генетика. Энциклопедический словарь

  • Биоинформатика — * біяінфарматыка * bioinformatics новое направление исследований, использующее математические и алгоритмические методы для решения молекулярно биологических задач. Задачи Б. можно определить как развитие и использование математических и… …   Генетика. Энциклопедический словарь

  • МАТРИЧНЫЕ РИБОНУКЛЕИНОВЫЕ КИСЛОТЫ — (информационные РНК, мРНК, иРНК), молекулы РНК, представляющие собой комплементарные (см. Комплементарность) копии участков значащих цепей генов (ДНК), в к рых закодирована информация об аминокислотных последовательностях полипептидных цепей… …   Химическая энциклопедия

  • генная избыточность — * генны лішак * genetic redundancy наличие большого количества копий к. л. структурного гена на хромосоме, обычно в составе мультигенного семейства. Генная инженерия * генная інжынерыя * gene enginеering раздел генетической инженерии (см.), для… …   Генетика. Энциклопедический словарь

  • Эволюционная дистанция — – величина, характеризующая генетические различия между двумя организмами. Находится путём сравнения нуклеотидных последовательностей гомологичных генов. Мерой генетических различий считается процент несовпадений нуклеотидов в соответствующих… …   Википедия

  • Бурые водоросли — Бурые водоросли …   Википедия

  • РЕКОМБИНАЦИЯ ГЕНЕТИЧЕСКАЯ — реорганизация ге нетич. материала, обусловленная обменом отдельными сегментами (участками) двойных спиралей ДНК. Р. г. главный фактор непостоянства генома, основа большинства его изменений, обусловливающая естеств. отбор, микро и макроэволюции.… …   Химическая энциклопедия

  • генетическая терапия ex vivo — * генетычная тэрапія ex vivo * gene therapy ex vivo генотерапия на основе изоляции клеток мишеней пациента, их генетической модификации в условиях культивирования и аутологичной трансплантации. Генетическая терапия с использованием зародышевой… …   Генетика. Энциклопедический словарь

  • BLAST — У этого термина существуют и другие значения, см. BLAST (значения). BLAST Тип Биоинформатика Разработчик Altschul S.F., Gish W., Miller E.W., Lipman D.J., NCBI Операционная система UNIX, Linux, Apple Macintosh, Microsoft Windows …   Википедия

  • Ген — I (греч. genos род, происхождение) структурно функциональная единица генетического материала, наследственный фактор, который можно условно представить как отрезок молекулы ДНК (у некоторых вирусов молекулы РНК), включающий нуклеотидную… …   Медицинская энциклопедия

  • ГЕН (наследственный фактор) — ГЕН (от греч. genos род, происхождение), участок молекулы геномной нуклеиновой кислоты, характеризуемый специфической для него последовательностью нуклеотидов, представляющий единицу функции, отличной от функций других генов, и способный… …   Энциклопедический словарь

Поделиться ссылкой на выделенное

Прямая ссылка:
… Нажмите правой клавишей мыши и выберите «Копировать ссылку»